Control è la storia di Jesse Faden. La trama principale si concentra sulla sua ricerca personale di risposte, mentre cresce nel ruolo di direttrice. Il mondo di Control ha una sua storia, così come gli alleati che Jesse incontra lungo il suo cammino. Missioni secondarie e segreti sono ovunque. Jesse collabora con altri agenti dell'ufficio, decifra codici criptici e scopre strani esperimenti dell'ufficio.