In un viaggio per mare, Link è colto da una tempesta, naufragato e lavato sulla spiaggia dell'isola di Cocolint. Per tornare a casa, deve padroneggiare dungeon impegnativi e sconfiggere mostri temibili.

La nuova versione del gioco classico riprende molti elementi che hanno già reso il titolo Game Boy inconfondibile - come le stanze in stile platform 2D o le apparizioni di personaggi che in realtà non appartengono alla serie The Legend of Zelda.