Molto tempo prima che Sora fosse scelto dalla sua Keyblade, la sicurezza dei mondi era nelle mani dei veri Maestri della Keyblade. Tre giovani — Terra, Ventus e Aqua — hanno addestrato a lungo e con impegno sotto la guida del Maestro Eraqus per dimostrare che anche loro possiedono il Marchio della Maestria. Tuttavia, si troveranno presto nel bel mezzo di una crisi che colpisce mondi ben oltre il loro, proprio mentre un altro Maestro della Keyblade, Xehanort, scompare misteriosamente.