Metroid Prime 4: Beyond mette al centro l'esperienza di gioco e punta su una combinazione collaudata di esplorazione, combattimenti e un costante ampliamento delle proprie possibilità. Durante l'avventura si assume il ruolo di Samus Aran, dotata della sua tuta e di una varietà di funzioni espandibili. Il mondo di gioco è composto da ampie aree collegate tra loro, ognuna delle quali offre temi e sfide diverse. Ogni ambiente è progettato per invitare all'esplorazione e, grazie a nuove abilità, si aprono gradualmente ulteriori accessi. Tipico della serie è il principio "Metroidvania", in cui il progresso è legato allo sblocco di equipaggiamenti e armi. In questo modo, i ritorni diventano interessanti e i luoghi già noti possono essere esplorati nuovamente con nuove possibilità. Nei combattimenti, precisione e tattica sono fondamentali. Diversi nemici richiedono l'uso di specifici tipi di armi o strategie, mentre i combattimenti con i boss, come momenti culminanti, richiedono particolare attenzione e prontezza di riflessi. Grazie a un abile cambio tra diversi raggi, razzi o abilità corpo a corpo, è possibile adattare flessibilmente il proprio approccio.