Al centro di questo gioco ci sono i Yo-Kai: a volte adorabili, a volte inquietanti e per lo più birichini, queste creature vivono segretamente nel nostro mondo. Il compito dei giocatori in Yo-Kai Watch è quello di rintracciare queste strane creature, fare amicizia con loro e formare una squadra che poi sfida altri Yo-Kai in duelli. Ognuna di queste creature ha le proprie forze e abilità uniche, che possono essere utilizzate nei combattimenti per neutralizzare i Yo-Kai malvagi.