Per la filtrazione adsorbente, quindi per la rimozione di sostanze chimiche nocive (cloro, residui di farmaci, ecc.), sono disponibili cartucce di carbone appositamente trattate. La filtrazione adsorbente è normalmente necessaria solo nella fase di avviamento dell'acquario o dopo l'uso di farmaci. Le cartucce filtranti dovrebbero comunque essere utilizzate solo per un periodo limitato (circa 4 settimane) e successivamente rimosse o sostituite.