Tra tre giorni la luna cadrà e distruggerà l'intera terra. Utilizzando la magica ocarina del tempo, Link deve viaggiare nel tempo e rivivere gli stessi tre giorni più e più volte per prevenire la catastrofe e salvare il mondo. Si esplora ogni angolo di Termina e ci si addentra in spaventosi sotterranei, catene montuose infide, paludi inquinate, paesaggi di steppa brullati o un vasto oceano per fermare finalmente l'Horror Kid. Viaggiando nel tempo, è possibile conoscere la routine quotidiana delle persone che si incontrano, raccogliere informazioni e aiutare quante più persone possibile. Ad esempio, è possibile riunire una coppia di fidanzati, trovare nuove aree di business per esche ambiziose, rintracciare oggetti rubati e altro ancora.

Durante i vostri viaggi è possibile raccogliere varie maschere. Alcuni sono puro ornamento, ma altri ti danno poteri speciali pratici. Ci sono maschere che puoi usare per parlare con gli animali, correre velocemente come un coniglio o addirittura trasformarti in specie completamente diverse come un decu, un goron o una zora per usare le loro abilità come volare, rotolare o nuotare. È necessario utilizzare ogni minuto e ogni abilità a vostra disposizione per aiutare gli abitanti di Termina a recuperare la maschera di Majora e fermare l'Horror Kid. Con The Legend of Zelda: Majora's Mask 3D, Nintendo 3DS e 2DS hanno rilasciato una versione completamente ridisegnata del famoso classico Nintendo 64 - con grafica contemporanea e nuove funzioni.