I fratelli tornano in una nuova avventura in alto mare. Salpate con Mario e Luigi verso Kapitarbora (metà nave, metà isola) e viaggiate nel vasto mondo di Konektania. Lasciatevi catapultare da un cannone su Kapitarbora verso isole che vanno dalle foreste pluviali tropicali alle città più vivaci, esploratele e lanciatevi in avventure. Incontrate nuovi amici lungo il percorso, come Connetta e Wattz (che non è affatto un maiale), e incontrate personaggi familiari del Regno dei Funghi, come Peach e Bowser, che potranno aiutarvi nel vostro viaggio. Potrete contare sul legame fraterno tra Mario e Luigi. Usate le mosse del fratello per superare gli ostacoli durante le vostre esplorazioni e i potenti attacchi in coppia che si alternano dinamicamente nelle battaglie a turni. Per avere successo avrai bisogno di tutta la gamma di questa fratellanza.